在世界各地接连观测到、接近在已知与未知边缘的灾害，它已成为了国际议题，而为了维持和平，各国之间也互相协调对应该灾害－－「NOISE（ノイズ）」。人类一旦接触到「NOISE」就会被分解成为碳，如此无法用过去的常理来判断的破坏力。
而故事舞台发生在未来的日本东京，日本政府为了应对「NOISE」造成的灾害，编列了「特异灾害对策激动部二课」，该部门的前身就是在二次世界大战时旧陆军所组织的特务室「风鸣机关」。虽然它也与一般所知的一课同样，是为了防止灾害扩大并且善後灾害所设置的单位，但唯一不同的是二课拥有「Symphogear 系统（シンフォギアシステム）」。
Symphogear 系统是唯一能够有效退抗 NOISE 的装备，但是作为最先进技术的 Symphogear 系统，也是相当强大的武力，为此日本也根据和美国的安全保障条约将其隐没於台面之下。而就在不为人知之时有两位少女正在为了保护人们而战，她们同时也是当时流行乐坛的双人组合：「天羽奏」与「风鸣翼」。
此外，「立花响」和「小日向未来」，因为憧憬着歌手而将在这个春天将开始进入音乐学校就读，但此时两人并未察觉到前方的命运正在等待着……「觉醒的鼓动」即将到来。
