总人口230万人，差不多占据了整个东京都西部的巨大城市。这座因为人口的八成是学生而被叫做“学园都市”的城市，正在进行超能力的开发。
通过接受特殊的课程（curriculum），得到能力的学生们，由定期的身体检查（system scan）,被评为从“无能力（LV0）”到“超能力（LV5）”的6个不同级别。站在这些学生的最高点，被誉为最强的是七人“超能力者（LV5）”。
这其中一人，御坂美琴。“电击使（Electro Master）”，作为最高位的能力者，拥有“超电磁炮（Railgun）”外号的她，是在名门大小姐学校——常盘台中学上学的14岁女中学生。和后辈的“风纪委员（judgement）”白井黑子等人一起，过着学园都市的日常生活。
这个故事，描绘了一群，和平的平凡的，稍微有点奇怪的能力者少女们的日常生活。
